作为中药使用的植物、动物和矿物，绝大多数在人们发现其药用价值之前，在不同时间，不同地点，从不同角度，已经对其进行了命名。由于在各自命名时“或取其形，或取其色，或取其性，或取其气，或取其味，或取其所生之时，或取其所成之地……”（徐灵胎），很容易产生“同物异名”或“同名异物”现象。前者，在本草书中，称为“一名”、“异名”或“别名”；后者，李时珍称为“二物一名”、“三物一名”、“四物一名”或“五物一名”。仅《中药大辞典》收录，虎杖就有40多个不同名称，而诸如“过路黄”、“过山龙”，则分别用于20多种不同药物的药名，历来中药名称“同物异名”或“同名异物”现象的严重程度，由此可见一斑。
“同物异名”和“同名异物”的大量存在，造成了许多药物古今名称发生了改变。荆芥、木通在《神农本草经》中，分别以假苏、通草为正名；香附开始名为莎草根。经过本草学家长期不懈地努力，澄清了大批重要的古今名实演变。但至今仍留下了不少需要继续解决的难题。
忽视古今中药名实的改变，教训是沉痛的，值得我们深刻反思。例如，青木香、关木通事件，对于中医药的伤害至今应该记忆犹新。青木香之名首见于《本草经集注》，陶弘景提出木香一名青木香，是因为优质的木香颜色乌黑而得名。当时菊科植物木香为舶来之品，为了满足临床需求，医药学家致力于在国内寻找代用品。至于唐代，开始将马兜铃的根代替木香使用。但是，在唐代该药称为“马兜铃根”或“土青木香”，并没有称为“青木香”。一直到明代陈嘉谟的《本草蒙筌》，首次将“土”字删去，致使青木香出现了同名异物，一用以为菊科木香之别名，一用于作马兜铃根的新名称。
需要注意一个历史事实，苏合香丸出自唐代的《广济方》，原名乞力伽丸，以白术（乞力伽）作为君药，主要用以温中散寒，行气止痛。《广济方》早于马兜铃根（即土青木香）入药的时间，就算先有马兜铃根，该药也不叫“青木香”。再从组方来分析，性味辛温，擅长温中散寒、行气止痛的菊科“青木香”，能够与苏合香丸全方的性用相协调，十分合拍。如果改用性味苦寒的马兜铃根，则很难符合组方原则。遗憾的是，当初拆方研究苏合香丸而拟定冠心苏合丸之时，疏于对“青木香”名实的本草考证，误将马兜铃根作为该方中的“青木香”组方，由此埋下了严重的安全隐患。
至于关木通，则是在毫无文献记载和用药实践的情况下，草率作为木通使用而贻害患者。更不可思议的是，早在年，全国统编《中药学》教材已经告诫中医药人员：“关木通会引起急性肾功能衰竭”，但大家视而不见，我行我素，在其后的一、二十年内，相继将本来就当用木通科木通的导赤散、八正散、龙胆泻肝汤及其系列中成药，改用关木通投料。究其原因，除了倡导使用关木通的始作俑者和经销者负有不可推卸的历史责任外，更深层的原因还在于中成药的生产者为了应付过关，草率制定可控性本来就很差、实质上并不标准的“质量标准”。由于正品木通的化学研究长期滞后，难以进行定量和定性的质量标准；而关木通因含有马兜铃酸，则有现成的方法可以利用，在有关中成药的质量标准中，轻而易举地可以凑个数。事故就这样发生了，时间也过去很久了，不知药政管理者和生产者从中吸取了什么教训？
威灵仙最早出自唐代，根据《证类本草》转述：“（其）茎方，数叶相对，花浅紫，根生稠密。”再看所保留的唐宋“并州”、“晋州”、“石州”、“宁化军”药图，以及《本草纲目》李建木所见实物绘制的药图，一直是一种叶轮生、丛状须根的草本植物，至今虽然不能确定其具体品种，但生药学家认为是一种玄参科的草本植物。清代吴其濬的《植物名实图考》所附威灵仙，绘图十分精美，经考证则是毛茛科木质藤本植物。目前，所有中药文献对其功效的记载，可谓清一色的称其“祛风湿，通经络，止痛，治骨鲠”，而且强调其性偏温，善能走窜。这些性用特征，完全是依据清代中期以前那种玄参科草本威灵仙概括的。今日使用的毛茛科“威灵仙”，已不见其作用较为猛烈之“威”，其效与“灵”、“仙”也相去甚远。大致可以肯定，目前对于威灵仙功效的描述是张冠李戴的，这难道不值得怀疑吗？
续断的情况就更为复杂。该药的名称无疑是根据其主要功效命名的，应该具有活血止痛、续接筋骨方面的功效。根据《本草经集注》等文献记载，在《神农本草经》时代至南北朝时期，作为“续断”使用的，有“蔓生”、“节节断，皮黄皱，状似鸡脚”及“似蒴藋”者三种；唐代所用者，原植物“似糙苏”，应是唇形科草本植物；宋代所用者，又是“马蓟根”，为菊科植物；今天所用的川续断科植物续断，出自明代兰茂的《滇南本草》。目前习惯称该药具有补肝肾，健筋骨，活血疗伤，止血安胎等多方面的功效，这是将历代至少六种不同科属“续断”的作用集于一身。由此产生了一个比较矛盾的问题：同一种药物，既长于活血疗伤，又可以止血（或补肝肾）而安胎，这种可能性到底有多大？今天所用的川续断科植物续断，究竟具有哪些比较确切的功效难道不应该进行全面深入地研究吗？
另外还应提及一个现象。出于药政管理的需要，年版及年版《中国药典》，对于那些多基源的中药品种，已出现明显的“一物一名”的倾向。这种发展方向是无可厚非的，而且是必然的。但是，目前存在一个不可回避的问题，那就是像桑寄生与槲寄生、藿香与广藿香、爵床科的板蓝根（大青叶）与十字花科的板蓝根（大青叶）之类的多基源药物分列后，其间到底有没有功效应用方面的差异，而且究竟是怎样的差异。所有这些知识，临床医生全然不知。药政管理的最终目的是有利于临床应用，开处方的人一团雾水，怎么能在处方中区别书写呢？从临床角度来看，是不是应该先阐明功效的差异，然后再“一物一名”呢？