柴胡加龙骨牡蛎汤出自于《伤寒论》，原为少阳病误下后所致病变而设。少阳病，是指外邪既不在人体的肌表，又不在脏腑之里，而是在表里之间，外为太阳，内为太阴，邪气居于其间，阴阳相移，寒热交替，邪正相持，进退互据即所谓的半表半里证。在《伤寒论》中半表半里证要依据某些症状来确定，其中最具有代表性的就是“寒热往来”，也就是患者一会儿感到全身发热，一会儿感到害冷。当然这种发热和恶寒的程度，对每个人的表现形式也不同，寒热往来间隔的时间也不同。半表半里证既可见于外感热病中，也可见于内伤杂病中，只要有寒热往来的特征，就可列入半表半里证。
病在少阳，汗，土，下的治疗方法，都不可以用，故张仲景设小柴胡汤，用和解的方法来治疗少阳证，如果用了汗，吐，下三法，就会出现变证，张仲景称之为坏病。柴胡加龙骨牡蛎汤就是针对太阳病误下后所出现的坏病而设。在《伤寒论》中是这样说的：“伤寒八九日，下之，胸满烦惊，小便不利，谵语，一身尽重，不可转侧者，柴胡加龙骨牡蛎汤主之”。识别本方证的关键指征为“胸满烦惊，小便不利，谵语，一身尽重，不可转侧”，其中尤以“胸满烦惊”为辨证要点，即患者往往表现为胸膈胁肋部位的胀满、憋闷，呼吸不畅，或常欲叹息，烦躁易怒，甚至躁动不宁，容易惊悸、做恶梦等。该方证还可表现为一身尽重，动作不灵活，难以转侧，身动乏力，浮肿麻痹等。
本方的药物组成为柴胡四两，半夏（洗）二合，龙骨一两半，人参一两半，大*二两，牡蛎一两半，茯苓一两半，桂枝一两半，生姜一两半，大枣（孽）十二枚，*芩一两半。上十二味，以水八升，煮取四升，内大*切如棋子，更煮一而沸，温服一升。一般认为本方是由小柴胡汤加味而成，是表里同治、邪正同治的和解方，其证属少阳病范畴。本方是小柴胡汤、大柴胡汤、柴胡桂枝汤、柴胡桂枝干姜汤、桂枝加龙骨牡蛎汤、苓桂甘栆汤多方合成化裁而来，方中柴胡、桂枝、*芩和里解外，以治寒热往来、身重；龙骨、牡蛎、铅丹重镇安神，以治烦躁惊狂；半夏、生姜和胃降逆；大*泻里热，和胃气；茯苓安心神，利小便；人参、大枣益气养营，扶正祛邪。诸药共成和解清热，镇惊安神的功效。
有是证，用是方，有些较复杂的病证或疑难杂症，多病位病性，病情复杂，合病或并病或兼病时，依照出现的病证选用相对应的方剂，由适宜的两方或数方合在一起，可涵盖并治疗的对证处方范围。本方从肝着眼，而及心肾；从少阳入手，而顾及太阳、阳明；从气机立法，而不忘虚实。总之，本方表里寒热并治，阴阳并调，使表里错杂之邪得以速解，具有理肝、健脾、化饮、调阴阳、调胆胃、助升降、和肝胆、镇惊止悸的功效。故可用于治疗临床多种疾病。柴胡加龙骨牡蛎汤包含桂枝加龙骨牡蛎汤之意。桂枝加龙骨牡蛎汤在《金匮要略》中主治男子失精，女子梦交。柴胡加龙骨牡蛎汤既可调肝理脾，又可调和阴阳，故用此方治疗妇女绝经期综合征及男子早泄、遗精等生殖系统疾病也可获得很好的疗效。
一个历代医家理解有误的方剂，在实际应用中是相当广泛的
“脾肺气虚，水湿内停，阳气被遏”，张仲景的一个方剂疗效显著
历代医家多将本方用于神志异常类疾病的治疗，如癫狂、痫证等。徐灵胎在《伤寒论类方》中点评说：“此方能下肝胆之惊痰，以之治癫痫必效”。根据原文“胸满，烦惊，谵语”的叙述，经临床实践，本方可治疗精神情志类疾病，如心烦、失眠、抑郁等，属于邪在少阳，扰动少阴心神，致心胆不宁，临床以头昏、头痛、胸满、太息、烦躁易怒、心悸不寐或多梦，或易惊吓、易悲伤哭泣、语无伦次、便秘尿*为主要症状。辨证要点为胃脘痞满甚至疼痛，或反酸、呕吐、嗳气、不欲饮食，或伴便秘，或伴失眠，舌质红，苔白略厚等。
现代医学广泛运用于神经系统的一系列疾病。如癔病、神经官能症、抑郁证、焦虑症、恐惧症、癫痫、精神分裂症、老年性痴呆、帕金森综合征、小舞蹈病等。室性早搏，眩晕，耳聋，耳鸣，神经性脱发，高血压病，甲状腺功能亢进，失眠，阳痿，遗精等都可用本方剂治疗。运用本方最主要的是对柴胡证的掌握，胸胁苦满，心烦，失眠，易惊，多梦，谵语等。其中胸胁苦满是柴胡证最具特征性的症状。承气类方方证虽然也可见烦躁、谵语、神志失常等精神症状，但其多伴有腹胀痛坚满、拒按，便秘等。只要仔细比较，也不难区别。
总之，本方剂在临床应用中非常广泛，一般情况下，尽量不要加减药物，因为张仲景组方有他的思想和奥妙，若随便加减，整个方剂的结构就会被破坏，但在特殊情况下也可加减治疗，但不能加得太杂。若见胸胁刺痛，舌质紫黯的患者，是因为挟有瘀血内阻，可酌加桃仁，红花，川芎，鸡血藤等。若兼有面红目赤，大便秘结，小便短赤，为邪热内盛，可去人参，桂枝，生姜，大枣，酌加栀子，龙胆草等。若眩晕较重，痰多，舌苔厚腻的患者，可酌加南星，天竺*等。烦躁不安较重者，可加朱砂，夜交藤等。当然铅丹一药，因为其有*性，现代已经很少用了，若无特殊情况下，可以不用。
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